本发明公开了自聚焦微透镜阵列的制作系统及制作方法，包括如下步骤：1)薄膜微型光学谐振腔的制备，在衬底上生长第一层金属薄膜，接着在第一层金属薄膜上生长一层半导体薄膜，最后在半导体薄膜上生长第二层金属薄膜，半导体薄膜与第一层金属薄膜和第二层金属薄膜的界面处形成肖特基结；2)光照形成自聚焦微透镜阵列，把制备的薄膜微型光学谐振腔放置于激光光路中，激光经滤波、准直后，垂直聚焦在薄膜型光学谐振腔的表面，光从衬底一侧进入，从第二层金属薄膜一侧透出，照射设定时间后，得到自聚焦微透镜阵列。本发明构造精巧、制备简单、不产生任何污染排放、不浪费材料、成品率高。透镜的口径由照射光束横截面尺寸决定。