本发明公开了一种智能变电站单套配置间隔合并单元双级联电压选择方法，要解决的技术问题是保证供电可靠性和稳定性。本发明包括：第一套母线电压合并单元的电压采样数据异常，第二套母线电压合并单元的电压采样数据正常时，采用第二套母线电压合并单元的电压采样数据；第一套母线电压合并单元的电压采样数据正常时，采用第一套母线电压合并单元的电压采样数据。本发明与现有技术相比，线路间隔合并单元级联接收两套母线电压合并单元的电压采样数据，对接收到的电压采用数据进行有效性判断并选择所输出的电压采样数据，线路间隔合并单元级联一套母线电压合并单元异常时，无需将一次设备停电检修，大大提高变电站安全运行的可靠性与稳定性。