本发明涉及一种船舶自适应气层减阻系统，包括气层发生装置、供气系统和探测与控制系统，所述气层发生装置包括变形外板(9)和与变形外板(9)连接的液压顶杆(10)，所述液压顶杆(10)驱动变形外板(9)移动，在变形外板(9)与船体外表面之间形成断阶，所述供气系统包括带有转速控制器的供气风机(1)、供气管道(2)、空气压缩机(3)、和喷气口(7)等，形成自动吸气与增加供气两条支路，所述探测与控制系统包括传感器、伺服机构、计算控制中心(13)。本发明的船舶自适应气层减阻系统能实现气泡船在不同航速、航区、航行工况下调节气层发生系统的供气量及气层发生装置的工作状态，使得气泡船对航区及航行工况的适应性大幅度提升，提高了气层减阻技术在船舶上应用的综合效益。