本发明提供一种配电自动化系统单相接地区段精确定位的方法，包括：步骤一、在配网发生单相接地时通过故障相辨识算法识别接地故障相，并将接地故障相主动短时接地后再断开；步骤二、配电自动化主站通过召测各条出线离变电站最近的终端所检测的零序电流，短时接地前后零序电流显著变小的出线为发生单相接地故障的线路；步骤三、故障线路选线完成后，配电自动化主站进而召测故障线路沿线所有终端监测量，比较短时接地前后，零序电流方向发生变化的最后一级的下游，与短时接地前后零序电流未发生显著变化的终端之间即为单相接地区域。本发明通过短时接地显著改变故障线路、故障区域零序电流分布，能显著提高配电自动化单相接地区段识别准确度。