本发明公开一种消除数控机床轴向位移偏差的方法，包括以下步骤：a)设置增量式光栅尺，增量式光栅尺包括标尺光栅、光栅读数头和指示光栅；b)检测电机开机时的绝对位移，记为X2，则绝对式电机断电前后相对于光栅读数头的位移记为△X；c)将绝对式电机往光栅读数头所在方向移动，使丝杠移动一定值，增量式光栅尺检测其移动的相对位移值，并记为a，同时绝对式电机检测其绝对位移值，并记为X3，则X2‑X3＝△X+a，△X＝X2‑X3‑a；d)纠正工作台的轴向位移偏差△X，返回原点。本发明能够计算出数控机床断电后光栅尺和电机在断电期间发生的位移量，准确判断数控机床轴向的准确位置，便于准确设定机械坐标。