本发明涉及一种从紫锥菊中提取高纯度菊苣酸的制备方法，其特征在于采用以下步骤：1)制备改性的ß葡萄糖甘酶溶液；2）将干燥的紫锥菊根经粉粹、过滤预处理后，加入乙醇水溶液，得到紫锥菊根乙醇分散液；3）将装有紫锥菊根乙醇分散液的锥形瓶放入微波萃取仪中，加入改性的ß葡萄糖甘酶溶液，微波加热时间为30~90 s；4）微波酶解结束后，酶解液经60~80 oC高温灭酶10~30 min，得到菊苣酸初提液；5）过滤后真空浓缩得到菊苣酸。本发明所得菊苣酸产品纯度大于95%，得率大于1.2%，提取得率高。