本发明公开的是一种高通量多层夹心式复合纳滤膜的制备方法。首先对超滤基膜和低维(零维或一维和二维)纳米材料表面改性使其荷负电，再以阳离子聚电解质作为桥接，将一维或零维纳米材料和二维片层交替组装在超滤基膜上，即可得到功能层为二维夹心一维或零维纳米材料的高通量复合纳滤膜。本发明制备的功能层有效解决了二维纳米层状薄膜在高压过滤中层间距小且易形变的难题，可显著提高膜通量同时保持膜结构的长期稳定。其制备过程简单，制备出的纳滤膜具有高通量的特点，在染料脱除等领域有着巨大的应用前景。