本发明提供一种数据存在认证系统、认证方法及验证方法，所述认证方法包括：获取各目标数据的哈希值，并存储各哈希值；根据各哈希值生成至少一个默克尔树，将各默克尔树的树根分别通过交易存储至预定区块链网络的区块链中；生成分别对应于各目标数据的各收据。其中，所述收据包括对应目标哈希值，对应的默克尔树的树根、路径，以及交易数据存储路径；所述路径包括依次与目标哈希值进行配对以最终生成树根的各哈希值。本发明通过利用默克尔树的特性和区块链中数据无法改写的特性，实现了无需依赖于认证机构即可通过交易实现对目标数据在交易时间即存在的认证，交易只需在区块链上存储树根、一次交易可完成对批量数据的认证，大幅降低了认证成本。