本申请公开了一种运行控制方法、系统和空气压缩机，该方法和系统用于对轨道机车的空气压缩机系统进行控制，具体为检测所述总风缸的总风压；在总风压发生变化时，根据总风压的变化情况计算总风压变化速度，总风压变化速度包括总风压上升速度和总风压下降速度；根据空气压缩装置的最高工作转速确定转速依次降低的多个实际工作转速；根据总风压和总风压变化从所述多个实际工作转速中确定目标转速，并控制空气压缩装置按目标转速运转；当总风压值达到总风缸的工作压力上限时，控制空气压缩装置停止运转。本申请提供的技术方案能够解决空气压缩机系统因单次运行时间较短而导致的润滑油乳化问题。