本发明公开了一种冻干机的高速进出料转运控制方法，步骤为：S01、实时检测各进料平台上的小瓶数并离散化以生成控制规则表；S02、根据控制规则表生成各转运小车的目标地址，各转运小车移动至目标地址上进行转运作业。本发明还公开了一种控制系统，包括小瓶检测件和控制单元，小瓶检测件与控制单元相连。本发明还公开一种转运系统，包括多台灌装机、冻干机、转运车、转运轨道以及如上的控制系统，灌装机及冻干机沿转运轨道布置方向依次设置，转运小车沿转运轨道运行，灌装机通过进料平台与转运轨道上的转运小车对接装瓶；控制单元与各灌装机、冻干机和转运小车相连。本发明的控制方法、控制系统及转运系统均具有转运效率高等优点。