本发明提供的方法能够快速、稳定的从合成AFG中分离纯化出来，且能够达到工业化生产的水平，AFG的具体分离、纯化工艺如下：1.合成液的稀释。AFG原合成液粘性较大，流动性较差，故原液需要去离子水稀释，稀释的比例为1:10‑50。2.将步骤1稀释后的溶液过分子量为1000Da的纳滤膜，膜过滤器泵的压力为20‑40KPa，流速为800ml‑1000ml/h，得到截留液A（分子量大于1000Da）和截留液B(分子量小于1000Da)，截留液B中含有目标产物AFG。3.将截留液B过分子量为400Da的纳滤膜，膜过滤器泵的压力为30‑50KPa，流速为500ml‑800ml/h，得到截留液C（分子量大于400Da）和截留液D(分子量小于400Da)，目标产物AFG存在于截留液C中。4.将截留液C冷冻干燥，得到高纯度AFG。