本发明公开了一种制备含低聚体原花青素荔枝提取物的方法。荔枝中含有大量原花青素，原花青素具有强抗氧化性和清除自由基活性。目前未发现针对低聚体原花青素的提取方法。本发明通过一提取、二离心、三浓缩、四分离纯化、五多酚洗脱液浓缩、六干燥、七有机酸水解的方法，对荔枝提取物中的原花青素高具体进行水解，降低原花青素的聚合度，大大提高了荔枝提取物中单体及低聚体原花青素的含量，使得荔枝提取物中原花青素天然资源得到更充分的利用。经有机酸水解后，提取物干粉中多酚含量为70%以上，原花青素平均聚合度小于2.0，原花青素单体表儿茶素含量为6.5%以上，原花青素低聚体A1含量为5.0%以上，原花青素低聚体A2含量为4.0%以上。