本发明公开了肝癌相关的人NUDT2和PCDH8基因甲基化位点及应用，特点是利用一种焦磷酸测序法定量检测NUDT2基因特异性位点cg04322134和PCDH8基因位点cg20366906的甲基化水平，针对每个位点设计了独有引物，分别包括上、下游PCR扩增引物和焦磷酸测序引物，其中一条扩增引物带生物素标记。本发明可对NUDT2基因和PCDH8基因特异性位点的甲基化水平进行快速准确的定量检测，并发现两位点甲基化水平在原发性肝细胞癌患者中发生显著改变。