本发明一种水体监测机器人系统及其方法。水体监测方法包括：水位测量方法、数据监测方法、数据发送方法、电源补偿方法、水质探头和排污管的设置方法以及数据编码方法。一种水体监测机器人系统包括机器人本体和监测井。本发明通过自动化控制技术实现了水体数据的自动监测和数据发送。本发明设置有三种电源补偿方式，三种电源补偿方式互为弥补，可实现设备在野外长期不间断工作。设置有三种数据发送方式，各有优点，相互弥补，使本发明的数据发送方式适应于各种作业条件。本发明设置有排污管，及时排出因密封不严流入的杂物，避免损坏机器人系统，而且排污管设置在水质探头的下游，避免因排污带来的探测干扰。