本发明涉及智能变电站一二次系统运行隐患智能排查方法，包括以下步骤：获取电网一二次系统运行信息、构建一二次系统关联模型、获取检修工作票数据和判定设备是否处于停运检修状态、一二次设备检修状态一致性校验和信息归档、一二次设备运行状态一致性校验和信息归档、检修恢复后一二次设备状态一致性校验和构建设备状态全寿命周期档案跟踪模型，与现有技术相比解决了智能变电站因一二次系统运行方式不一致造成运行隐患无法智能排查的缺陷，避免了人工主观判断的误差和遗漏，可有效提高智能变电站运行维护水平。