本发明提供了医疗垃圾的环保处理系统，包括依次连接的筛选机、破碎机、研磨机、旋风炉、冷淬池和沉渣池；所述筛选机用于对医疗垃圾进行分拣，所述破碎机用于将分拣出的医疗垃圾进行破碎，所述研磨机用于将破碎后的医疗垃圾与原煤按照1:2质量比混合后进行研磨，所述旋风炉用于将研磨机研磨后形成的混合物料燃烧成熔融态，再通过管道输送到冷淬池进行冷淬，所述沉渣池用于供冷淬后的产物沉淀过滤。本发明能够快速解决医疗垃圾中重金属污泥对环境造成的污染。