本发明涉及电气工程领域，尤其涉及一种全光纤电流互感器调制相位扰动补偿装置及方法。光强检测单元中的光敏传感器测得全光纤电流互感器中的相位调制器的检测光源的光强，通过信号放大单元的信号放大三极管将所测得信号放大，再经过模数转换单元转换为数字信号后传入信号处理单元进行处理。本发明通过加权最小均方误差准则调制全光纤电流互感器中光源相位扰动，该装置实时监测相位调制系统中存在误差，通过引入加权函数因子，不断迭代加权函数得到期望调制相位求解全光纤电流互感器中相位调制器的调制角度，从而减小因实际制作中光纤非匹配性、非对称性带来的耦合器相位的微小偏移误差，提高全光纤电流互感器性能。