本发明提供一种基于主站后备的智能分布式FA故障处理方法，包括下述步骤：(1)定义配电线路的静态拓扑模型与动态拓扑模型作为配电线路拓扑变更自适应的模型基础；(2)通过主站与分布式FA的拓扑模型交互机制完成动态运行拓扑的生成和下发；(3)当配电线路静态拓扑发生变化时，根据配电线路静态拓扑自适应算法实现配电线路的静态拓扑自适应；(4)当配电线路发生故障后，分布式FA进入故障隔离程序，同时根据障隔离引起配电线路拓扑变更的自适应算法完成配电线路拓扑的更新；(5)当系统进入负荷转供程序后，根据负荷转供引起配电线路拓扑变更的自适应算法完成配电线路拓扑的更新。本发明实现了分布式FA与配电主站故障协同处理。