本发明公开一种穿越活动断层隧道多级减震结构，隧道的断层破碎带主变形区的隧道横断面大于稳定段的隧道横截面；隧道衬砌层为纵向可变结构：隧道衬砌层为分段衬砌，且相邻衬砌段间构成的减震缝通过柔性接头连接；所述断层破碎带及其影响范围内通过注浆加固的方式设置围岩加固圈，所述围岩加固圈内壁与隧道衬砌层之间填充有由轻质砂土构成的变形调整层。本发明能够使隧道结构的安全性和围岩的稳定性都能得到大幅提高；衬砌各部位的最大、最小主应力峰值明显降低，并使可能出现因受拉或受压而破坏的隧道区段的显著减小；衬砌结构在错动面处发生错动后，可防止围岩大范围失稳坍塌，降低断层错动对隧道的影响。