本发明公开了一种基于液晶空间光调制器的多目标多姿态并行跟踪系统及方法，系统包括相干光源、扩束镜、第一反射镜、快门、第二反射镜、空间光调制器、第一凸透镜、分束镜、CCD相机、第三反射镜、第二凸透镜、摄像机、工作平面和电脑；本发明利用摄像机将各个目标的实时图像传回控制电脑，利用红外触摸屏点击，通过Labview计算，运用GS算法，计算出全息图，再将全息图加载到液晶SLM中，进而产生多光束，灵活地对目标进行打击。本发明的液晶SLM操作方便、使用灵活；使用Labview控制进行自动出光打击，不需要人工调节光束，可以灵活地控制光束的数量以及位置，节约时间；利用空间光调制器SLM，能够产生多光束，同时对各个目标进行打击，提高了激光器的能量利用率。