本发明涉及一种用于母联CT异常的母线差动保护方法和装置，所述方法或装置包括：判断母联CT是否异常的步骤或单元；若母线大差判别母线区内故障，根据母联CT异常判断情况，确定母线保护方法的步骤或单元；其中，若母联CT出现异常，依靠母线大差保护动作瞬时断开发生CT异常的母联断路器，母联断路器跳开后，再由各段母线小差准确选择跳开故障母线。按照本发明的用于母联CT异常的母线差动保护方法和装置，可以快速解列故障母线和非故障母线，并在系统稳定允许的时间范围内隔离故障，避免了母联CT异常后发生母线区内故障时，各段母线小差保护跳开非故障母线的情况，减小了负荷损失，保证了供电可靠性。