本发明公开了一种多功能复合除藻颗粒，按重量百分比计算，是由以下成分组成：0.08‑3％除藻剂、0.1‑2％过碳酸钠晶体、2‑6％硅酸镁锂、2‑3％硅酸钾、20‑30％水性聚氨酯涂料、10‑30％水溶胀性组合物、复合起泡剂0.1‑0.3％、落葵薯提取物0.2‑0.5％、黄珠子草提取物0.1‑0.2％、微孔陶瓷粉2‑5％、余量为水溶性聚合物。其制备方法为：将过碳酸钠晶体、硅酸镁锂、硅酸钾粉碎，与除藻剂混合，作为芯体，用水性聚氨酯涂料包衣，再用水溶胀性组合物包二次衣，再用水溶性聚合物包三次衣，即得到所述除藻颗粒。本发明制备的除藻颗粒形式独特，可以定向投放，局部使用浓度大，既能够彻底除藻，还能减少水体污染。