本发明公开了一种基于光热波导的微流控芯片及其微流控方法，该芯片包括光热波导、微流室、光信号输入端口、微流泵、微流体，光热波导由光热转换材料与微纳波导组装而成，光热波导浸没在微流室底部，光源发出的光信号在光热波导上传输；微流泵通过管道与微流室连接。光热波导通过光信号激发出热量进而在整个微流体中产生温度梯度，诱导产生以竖直式涡旋流为特征的浮力对流以及以水平式涡旋流为特征的热毛细对流。通过微流泵可改变流体层厚度进而控制微流体的流动模式。通过光信号的功率可改变光热波导的热量进而控制微流体的流动强度。该方法快捷方便、成本低廉且高效，可以产生多种形式的涡旋流。