本发明公开了一种木糖母液的处理方法，包括以下步骤：(1)将木糖母液进行前处理之后，加入由葡萄糖氧化酶与过氧化氢酶组合形成的共固定化酶进行反应，反应完成之后，待共固定化酶沉降之后，保留上清液；(2)将所述上清液通过离子交换树脂进行离子交换，对离子交换树脂进行再生并收集再生洗脱液，即得到葡萄糖酸钠溶液；(3)将所述步骤(2)中得到的离子交换通过液经由色谱柱分离得到木糖组分和阿拉伯糖组分两个组分；(4)将所述木糖组分和阿拉伯糖组分分别进行结晶处理，得到木糖和阿拉伯糖。本发明可以充分利用木糖母液中的各个组分，提高其回收利用率，而且本发明操作过程简单易行。