本发明公开一种具有同步控制功能的点源透过率杂光测试系统及方法，属于杂光测试领域。光源出射的脉冲激光经平行光管准直后出射平行光，一部分光直接进入待测光机系统，该部分光为信号光；其中一部分光经待测光机系统表面散射后照亮环境内壁，再由内壁散射返回待测光机系统，该部分光为环境光污染。相对于信号光，环境光污染须经历更长的光程和时间到达系统像面，具有一定的时间滞后，当信号光达到系统焦面时，同步控制系统控制探测器快门打开，接收信号光；而当环境光污染到达系统焦面时，快门处于关闭状态。本发明可有效抑制环境光污染，提高点源透过率杂光测试系统的精度。