一种基于参数估计的谐波分析系统，属于谐波分析技术领域，包括支路、多线路综合判定模块、存储模块和显示模块，每一组支路设有数据源模块、序列发生器和参数估计模块，每一组支路的参数估计模块的信号输出端分别连接多线路综合判定模块的信号输入端。本发明引入参数估计理论，得出电网谐波的等效阻抗和等效谐波电动势关键信息，传统的人工介入分析转化为智能辅助，提高分析的效率，提高谐波分析的严谨性。本发明还具有输入输出格式的多样化，离线分析工作模式下输入可以是历史数据，在线分析模式可以是实测实时数据，应用场合多样灵活。