一种EUO或NES结构分子筛的制备方法，包括将有机碱、铝源、式(Ⅰ)所示的结构导向剂(R)溶于水中，混合均匀；式(Ⅰ)中n＝1～3，(Ⅰ)向混合溶液中加入硅源混合均匀，当制备EUO结构分子筛时，使反应物的摩尔比为：SiO2/Al2O3＝10～50、H2O/SiO2＝5～50、R/SiO2＝0.05～0.5、M2O/SiO2＝0.05～0.3、BA/SiO2＝0.05～0.25；当制备NES结构分子筛时，使反应物的摩尔比为：SiO2/Al2O3＝10～50、H2O/SiO2＝5～50、R/SiO2＝0.05～0.5、M2O/SiO2＝0.05～0.3、BA/SiO2＝0.3～1.0；所述的M2O为碱金属氧化物，BA为有机碱，于80～140℃，自生压力下水热晶化反应1～7天，升温至150～250℃，在自生压力下水热晶化反应5～14天，收集固体产物，干燥。所得分子筛具有纳米级晶粒和较好的催化性能。