本发明提供了一种磁性过氧化氢酶分子印迹微球的制备方法，包括以下步骤：A)将铁源物质、稳定剂与水混合进行加热反应后，得到铁氧酸粒子；B)将所述铁氧酸粒子、乳化剂、催化剂、二氧化硅前驱体、水、异丙醇和环己烷混合搅拌，加热反应后，得到SiO2包覆铁氧酸粒子的微球；C)将所述SiO2包覆铁氧酸粒子的微球进行煅烧；D)将步骤C)得到的产物分散于缓冲溶液中、再加入过氧化氢酶和多巴胺，在空气中进行聚合反应，得到磁性过氧化氢酶分子印迹微球。