本发明公开了一种改善服务器噪声的风扇控制方法及系统，属于服务器散热技术领域。本发明的改善服务器噪声的风扇控制方法，在主板上增加switch芯片，来增加BMC分配的I2C地址数量，将不同的I2C地址分配给不同的PCIE槽位，保证所有PCIE槽位I2C地址不发生冲突；主板BIOS识别PCIE槽位中板卡类型，并将板卡类型信息发送给BMC，BMC中集成针对不同板卡配置的风扇控制策略，BMC根据识别的板卡数量及PCIE槽位信息调用对应配置的风扇控制策略。该发明的改善服务器噪声的风扇控制方法及系统能有效的避免服务器出现散热问题，并能将整机噪声降低10dB以上，具有很好的推广应用价值。