本发明公开了一种双频带独立可调的基片集成波导滤波器，包括：谐振腔，及谐振腔上的微扰体；谐振腔包括：接地面、介质板、顶层面、金属壁过孔；顶层面和接地面分别位于介质板的上下，金属壁过孔以相同的距离阵列的分布在谐振腔的四周，组成墙壁，两个金属壁过孔的孔间距小于等于金属壁过孔直径的2.5倍；微扰体包括：微扰槽、微扰金属过孔、连接槽；微扰槽位于谐振腔的顶层面中心位置，连接槽关于微扰槽对称设置，每个谐振腔内的微扰金属过孔关于微扰槽对称，且相应地位于连接槽里面，连接槽、微扰金属过孔的个数均为偶数。本发明的双频带独立可调的SIW滤波器具有结构简单，回波损耗较大，双频带独立可调控，操作简单等优点。