本发明涉及一种柔性直流电网系统直流短路故障保护方法及装置，将直流线路一侧换流器与近端线路电抗器之间的部分分为第一、第二保护区域，其中，近端线路的电抗器与直流断路器之间区域为第一保护区域，直流断路器与换流器之间为第二保护区域，并对第一、第二保护区域内的短路故障进行相应的保护。该方法能有效识别第一、第二保护区域的短路故障保护，当任一保护区域发生短路故障，都不会影响另一保护区域的正常运行，保证了无故障线路不被错切的问题，实现直流线路上短路故障准确和快速隔离。