本发明提供的微藻管式光生物反应器及其系统，属于生物工程领域。微藻管式光生物反应器包括搅拌循环机构，搅拌循环机构包括搅拌内部机构和搅拌外部机构，搅拌内部机构包括固定导杆和搅拌球，搅拌外部机构包括导轨、牵引带和引导磁块，搅拌球的与管道的内壁相切的一侧嵌设有被引导磁块，被引导磁块与引导磁块对应设置且能够通过管道导磁移动。微藻管式光生物反应系统包括微藻管式光生物反应器，排液口设置有自动阀门。微藻管式光生物反应器利用搅拌球的移动实现微藻的搅拌和循环，相比现有技术，大大减少了机械搅拌对微藻的机械损伤。微藻管式光生物反应系统进一步完善微藻管式光生物反应器。