一种消除开关电源次谐波振荡的方法，基于包括采样模块、误差计算模块、PID模块、脉冲调制模块构成的控制系统，该控制系统与受控的开关电源连接起来构成一个闭环。采样模块对开关电源输出电压进行采样并计算后得到Vo，误差计算模块将参考电压Vref减去Vo，得到当前采样的误差e1，PID模块根据误差e1和PI参数值进行PID运算，得到的补偿结果VPI输出给脉冲调制模块，脉冲调制模块输出duty对开关电源进行控制；本发明增设时间长度计算模块和次谐波消除模块，通过时间长度计算模块计算出开关不同的时间长度进而通过次谐波消除模块确定补偿函数和计算控制电流的补偿量，利用给控制电流加补偿的方法来消除次谐波振荡。