本发明属于微生物领域，具体涉及地衣芽孢杆菌的连续培养方法和专用发酵系统。本发明的方法，包括下述的步骤：(1)将地衣芽孢杆菌菌种转接到试管斜面培养基上，菌种活化，依次转接到三角瓶和种子罐培养，制备地衣芽孢杆菌种子；(2)取培养料：淀粉/葡萄糖、玉米粉、豆粕粉、(NH4)2HPO4、NaCl、CaCl2、MgSO4.7H2O、KH2PO4、K2HPO4、MnSO4、消泡剂、水；(3)将步骤(2)中的培养料经灭菌处理后，接种活化、培养好的地衣芽孢杆菌种子，再经过三级连续培养，得最终发酵液。本发明的方法实现了高度机械化和自动化，地衣芽孢杆菌的质量和品质比较稳定均一，也不易发生杂菌污染和菌种变异；延长了各检测仪器的寿命；节省时间、提高了产量和生产效率；提高了地衣芽孢杆菌菌体浓度和芽孢率。