本发明公开了一种高深宽比微型气相色谱柱芯片的制备方法，包括制作掩膜版；硅片预处理；进行匀胶光刻工艺，显影；然后再溅射一层金属铝作为掩蔽层，超声剥离，暴露出要刻蚀的通道，进行深干法刻蚀，调整垂直刻蚀和沉积保护的参数；将两片刻蚀图形完全相同的基片进行阳极键合，在键合完成的芯片双面溅射薄膜加热器和测温电阻用于色谱柱加热和温度调控；采用静态涂覆方法在微型色谱柱内部形成一层PDMS薄膜。该方法制备的微型气相色谱柱，侧壁陡直，深宽比大，在原有的刻蚀基础上将微型气相色谱柱的深宽比提高了一倍。其制备方法简单可靠，制备的微型色谱柱芯片灵敏度和分辨率更高。