本发明公开了一种控制器的系统启动的方法及装置，属于油气生产自动控制领域。该方法包括：当检测到系统启动指令时，从存储的环境变量中获取第一存储地址和第二存储地址；基于第一存储地址，获取第一操作系统的数据，以及基于第二存储地址，获取第一文件系统的数据；基于第一操作系统的数据，对第一操作系统进行校验，基于第一文件系统的数据，对第一文件系统进行校验；当第一操作系统和第一文件系统均校验成功时，启动第一操作系统和第一文件系统。本发明实施例通过对第一操作系统和第一文件系统进行校验，从而当校验成功时可以确定第一操作系统和第一文件系统能够正常启动，进而保证控制器的稳定运行。