本发明公开了一种实现RFID系统中阅读器与标签认证的方法与系统，所述方法与系统中的阅读器与标签含有极小加密算法，阅读器向标签发送第一随机数与第二随机数以及第一密文；标签采用极小加密算法，并利用共享密钥对第一随机数加密得到第二密文，标签比较第一密文与第二密文，若相同，标签对阅读器认证通过；标签采用极小加密算法，并利用共享密钥对第二随机数加密得到第三密文，发送给阅读器，阅读器采用极小加密算法，并利用共享密钥对第二随机数加密得到第四密文，阅读器比较第三密文与第四密文，若相同，阅读器对标签认证通过。本发明实施例通过阅读器与标签间双向认证，实现对内置标签的目标对象的识别，提高阅读器与标签间数据传输的安全性。