本发明公开了一种核电站主泵轴封注入水系统，其包括设于主泵外部的喷射泵、高压冷却器、旋液分离器、阀门和主连接管道，以及设于主泵内部的辅助泵和内部流道，主泵内外部流道通过主法兰上的轴封水注入孔和高温水引流孔连接；喷射泵、高压冷却器、旋液分离器依次设置在主连接管道上；还包括一条与喷射泵、高压冷却器、旋液分离器并联的旁通管道，主连接管道在与旁通管道并联的并联段两端各设有一个常开的主管道隔离阀门；旁通管道使得RCV系统的低温上充水能够绕过喷射泵、高压冷却器、旋液分离器，直接进入主法兰的轴封水注入孔。与现有技术相比，本发明通过冗余设计、优化系统结构与控制，保证了系统运行的安全性和可靠性，以及系统的可维修性。