本发明涉及一种用于并行冗余协议网络中的时钟输出控制方法和系统，其方法包括：在第一以太网端口的时钟和第二以太网端口的时钟均有效时，获取所述第一以太网端口和所述第二以太网端口的时钟读数差值；将所述时钟读数差值与预设阈值进行比较，获得比较结果；在所述比较结果表明所述时钟读数差值不小于所述预设阈值时，将所述第一以太网端口和所述第二以太网端口的输出闭锁；在所述比较结果表明所述时钟读数差值小于所述预设阈值时，输出所述第一以太网端口的时钟；在第一以太网端口的时钟无效且第二以太网端口的时钟有效时，输出所述第二以太网端口的时钟。采用本实施例中的方案，可以提高并行冗余协议输出时钟的可靠性。