本发明公开了一种斜带石斑鱼亲子鉴定微卫星荧光多重PCR的方法，包括以下步骤：(1)斜带石斑鱼个体DNA提取；(2)斜带石斑鱼多态性微卫星引物的筛选；(3)斜带石斑鱼8重PCR条件的优化和扩增；(4)亲子鉴定；本发明方法利用微卫星标记与多重荧光PCR技术结合，筛选了8个高度多态性微卫星位点，组建一个8重荧光PCR体系。利用斜带石斑鱼家系对8重荧光PCR体系进行验证，本发明所述鉴定方法操作简单、快捷、费用低廉，可以在斜带石斑鱼种质鉴定，家系管理和良种选育进行推广应用，并为增殖放流效果评估提供了一种新的技术手段。