本发明公开了一种自动细菌微流控集成检测的装置，包括：微型管道集成系统、微流控系统和控制系统；其中，所述微型管道集成系统包括取菌针环、增菌细管、DNA提取管和PCR反应管；所述取菌针环位于第一连接管中且位于增菌细管上部，第一连接管通过接头与增菌细管相连接，所述增菌细管依次通过第二连接管、DNA提取管与PCR反应管相连接；所述微流控系统包括精密传动装置和精密注射泵；所述控制系统用于控制精密传动装置以驱动取菌针环穿过增菌细管取菌液，所述控制系统还用于控制精密注射泵以将DNA提取管中的设定量的液体转移到PCR反应管中。该装置可彻底替代细菌检测过程中的人工操作，节约时间和人力成本，能够实现细菌样本的全程自动化检测。