本发明公开一种近海底水合物探测系统，所述探测系统包括船载部分和深拖部分；所述船载部分包括：综合监控主机，监控主机发出触发采集脉冲信号，并传输至深拖部分；以及接收深拖部分采集的近海底信息，并根据近海底信息确定所述近海底情况；深拖部分包括数据采集单元，根据触发采集脉冲信号，采集当前位置处的近海底信息；电火花震源，根据触发采集脉冲信号产生电火花震动信号；多通道数据采集电子舱，分别与综合监控主机、数据采集单元及电火花震源连接，将触发采集脉冲信号传输至电火花震源及数据采集单元；以及将数据采集单元采集的近海底信息传输至综合监控主机，从而可降低菲涅耳半径，提高探测的分辨率。