本发明公开了一种固定微生物反应器及其回用方法，该反应器包括：保护壳体，其内设有固定微生物层，固定微生物层内设有浮力调节层，浮力调节层内设有磁力层。该固定微生物反应器彻底解决固定微生物填料或载体流失、堆积、堵塞问题；减少物理损伤，延长固定微生物填料或载体使用寿命；适用污水厂多种不同工艺，无需对原有污水处理基建设施做改动；成本低、管理方便；可应用范围广，既可以针对悬浮填料、包埋微生物载体及酶制剂，也可以用于颗粒污泥或粉状菌种；既可以用于城镇污水处理厂，也可以用于不同环境的河流黑臭水体的菌种管理。