本发明公开了抛石施工中钢圆筒护岸结构防腐涂层保护结构的施工方法，包括以下步骤：加工钢圆筒以及钢副格，然后通过强力胶将胶皮保护层粘贴在每个钢圆筒的下部筒壁上以及每个钢副格的下部外壁上；将钢圆筒和钢副格下放至待建人工岛护岸位置，并将钢圆筒下部打入海床内；在回填区侧的每个钢圆筒和钢副格外壁上覆盖双层土工布；运输和抛投石笼网兜；在回填区侧的钢圆筒和钢副格外侧抛填回填区块石并且在石笼网兜外侧抛填临海区块石；采用浮吊船在石笼网兜上吊装安装压脚空心方块；采用抛石船同时在回填区侧的钢圆筒和钢副格外侧抛填回填区块石并且在压脚空心方块外侧抛填临海区块石。采用本方法有助于实现钢圆筒护岸结构的长效防腐。