本发明公开了一种灌区信息化系统及其管理方法，包括智能终端、云端灌区信息管理系统、信息采集系统、闸门自动化监控系统和视频监控系统；智能终端通过网络访问云端灌区信息管理系统，用于输入灌区用水计划请求和用于驱动云端灌区信息管理系发送闸门启闭控制指令；云端灌区信息管理系统接收灌区的数据信息，将灌区对应数据信息与灌区电子地图中显示的灌区进行关联；云端灌区信息管理系统根据用水计划请求、配送计划发送闸门启闭控制指令至闸门自动化监控系统，或根据智能终端在访问云端灌区信息管理系统时的驱动发送闸门启闭控制指令至闸门自动化监控系统，实现灌区用水量控制。本发明具有管理效率高、决策的科学性和准确性高以及兼容性强的优点。