本发明一种涉及基于链式变流器的配电网电能质量综合控制方法及系统。该方法包括系统级控制策略和装置级控制策略；其中，所述系统级控制策略实现负载无功、谐波及不平衡电流检测，配电网PCC基波正序电压控制，以及配电网PCC基波负序电压控制，并综合产生链式变流器电流控制指令信号；所述装置级控制策略实现链式变流器控制的子模块直流侧电容电压控制，并根据来自所述系统级的电流控制指令，实现链式变流器的三相换流链电流控制，并产生链式变流器开关管占空比信号。本发明提供的技术方案能够对配电网中的谐波、闪变及不平衡等电能质量问题进行综合控制。