本发明提供了用于识别高分辨率质谱的方法、系统和算法。在一些实施方式中，分析物被电离并使用高分辨率质谱法(MS)在高质量精确度(例如≤75ppm或≤30ppm)下进行分析，并且将得到的质谱与一种或多种准候选分子或化学式进行匹配。本发明提供了，例如方法和系统，其中，确定可以产生自候选分子或化学式的可能的碎片以及这些碎片的每个的质量。本发明提供了，例如方法和系统，其中，高分辨率质谱然后与每个候选分子或化学式的计算的碎片质量比较，并且确定对应于或能被计算的碎片质量解释的高分辨率质谱部分。