本发明公开了一种水体原位反应模拟装置；其包括：底泥隔离筒，由硬质材料制成的圆筒结构；固定杆，沿底泥隔离筒轴向固定在底泥隔离筒外圆周上；漂浮装置，套设在固定杆上且可相对固定杆上下滑动；以及水体隔离筒，由软质材料制成的圆筒结构，其一端与漂浮装置连接、另一端与底泥隔离筒密封连接；本发明结构设计合理，安装拆卸方便，制造成本低，加工工艺简便；能够适应水体水位的变化，进而可确保隔离区域水体在温度、光照和溶解氧等方面与外部水体保持相同，为水体原位试验的测量数据准确性提供了保障。