本发明提供一种基于FPGA的光束指向控制系统，包括依次位于光束出射光路上的快速倾斜镜FSM1、快速倾斜镜FSM2、聚透镜、光束分束器及靶面，该系统还包括四象限探测器QD、核心处理模块、扰动模块和运动控制模块，上述三个模块基于FPGA实现；当系统处于测试阶段：利用已知噪声的扰动信号优化PID调节关系；当系统处于工作阶段：根据未知噪声的类型，选择对应的PID调节关系，然后根据光束角度实际偏移量计算倾斜镜FSM2的调节量，控制倾斜镜FSM2的角度偏移量变化，使靶面上的光斑质心位于设定位置。该系统能够对远场光束的质心漂移进行快速校准控制，且成本低稳定性高。