本发明涉及医药技术领域，具体是一种肽修饰的多壁碳纳米管载体及其制备方法和应用。本发明提供一种肽修饰的多壁碳纳米管载体，由3个精氨酸、6个组氨酸组成的短肽修饰的多壁碳纳米管的纳米载体MHR组成。本发明的纳米载体可以增强碳纳米管的水溶液中的溶解性、分散性，降低多壁碳纳米管的生物机体毒性。制备的纳米载体通过静电吸附带负电的免疫激活剂CpGDNA等，形成MHR‑CPG纳米免疫激活剂。本发明的纳米载体可以利用MHR‑CPG激发机体的抗肿瘤免疫效应，为前列腺癌患者的治疗开辟一个新的治疗策略，同时也为碳纳米管应用于药物载体提供新的理论依据和思路。